Tiene como principal objetivo la prevención y  control de aquellas enfermedades propias de los animales  que pueden ser transmitidas al ser humano.

Los principales componentes del programa de zoonosis son:

RABIA: Por su importancia y trascendencia es considerada la zoonosis más importante en el mundo ya que una vez que se presenta el cuadro clínico el paciente fallece. Las acciones y servicios que realiza  el programa se dividen en atención al humano y en el reservorio.

En unidades de salud:

Se brinda atención médica antirrábica a  personas mordidas por animales.

Aplicación de profilaxis  antirrábica a personas expuestas al virus de la rabia.

Seguimiento a la observación antirrábica de los animales agresores.

Vacunación antirrábica de perros y gatos mediante campañas intensivas.

Diagnóstico de rabia por laboratorio tanto en humanos como en animales sospechosos de padecer esta enfermedad.

Organiza junto con la comunidad campañas de esterilización de mascotas.

En el reservorio:

El componente de rabia cuanta con una unidad operativa denominada Centro de Control de Rabia y Otras Zoonosis ubicada en la Capital del Estado, brindando los servicios de:

Vacunación antirrábica canina y felina en forma permanente.

Esterilización de mascotas esto es de manera permanente, previa cita.

Observación antirrábica de animales agresores y/o sospechosos de padecer rabia.

Diagnostico por laboratorio de rabia.

atiende quejas de usuarios  referentes a  perros que causan problemas en la vía pública  (fecalismo, agresividad, accidentes viales, diseminación de basura  etcétera).

Recibe perros y gatos que por enfermedad, edad avanzada  o temperamento su calidad de vida   sea muy pobre entre otras.

Si se llegaran a presentar casos de rabia  (foco rábico) se realizan las actividades de campo para el control y evitar que se propague la enfermedad.​